在十多个国家举办的欧洲杯中，最令人担忧的无疑是人员跨境流动加速新冠疫情蔓延。 世卫组织欧洲执行总干事罗布巴特勒指出，在一些欧洲杯主办城市，新冠病毒感染在赛事举办地呈上升趋势。 特别令人遗憾的是“目前一些举办比赛的场馆正在增加允许观看比赛的观众人数”。
斯洛伐克后卫丹尼斯·瓦夫罗和另外一名工作人员是本届欧洲杯首批被确认核酸检测阳性的球队人员。本周初，苏格兰足总宣布新星吉尔摩因新冠检测呈阳性而缺席球队的最后一轮小组赛。苏格兰队0:0逼平英格兰队，年仅20岁的吉尔摩当选全场最佳。赛后，苏格兰足总确认这位中场新星新冠检测阳性，要自我隔离10天。
尽管本届欧洲杯的绝大多数球场看台开放比例在5成甚至以下，但是还是发生了球迷感染的情况。芬兰卫生部门对从圣彼得堡（芬兰与比利时的小组赛最后一轮在圣彼得堡进行）返回的球迷进行了核酸检测，初步结果就有多达86例阳性。预计全部检测结束，还会有更多的感染者。而且因为边境检测能力不够，大约800人在没有接受检测的情况下返回了芬兰。芬兰总理马林对局势表达担忧，芬兰是欧洲感染率最低的国家之一。芬兰相关方面建议从俄罗斯返回的球迷在72小时内接受检测，并在此期间避免与他人密接。
与此同时，丹麦卫生局官员安妮特·莱克·佩特里在日前的新闻发布会上表示，已发现29例与在哥本哈根举行欧洲杯比赛相关的新冠肺炎感染病例，理论上可能有更多人感染。
德国疾病控制机构科赫研究所主席魏勒表示，新冠大流行期间，在欧洲各地旅行没有意义，他还批评了在伦敦举行淘汰赛的做法，温布利将承办2场1/8决赛、2场半决赛和决赛。英国方面已经宣布，伦敦温布利球场将允许超过6万名观众观看半决赛和决赛，温布利球场最初打算将观众人数限制在4万。魏勒说：“从传染病学的角度来看，这不是好主意。”
世卫组织敦促，在新冠疫情呈上升趋势的地区，相关主办城市要迅速采取行动，加强病毒检测、测序和接触者追踪，加快疫苗接种。
